Prezesami obszarów nowo powstałej organizacji zostali dawni dowódcy DSZ. Jako pierwszy tego zaszczytu dostąpił płk Jan Rzepecki(1) , którego kadencja rozpoczęła się 2 września 1945 roku, a zakończyła 5 listopada tego samego roku. Jego miejsce zajął mianowany na prezesa WiN i aresztowany jednego dnia (5 listopada 1945 r.) ppłk Jan Szczurek-Cergowski(2). Pozostawione przez nich stanowisko objął płk Franciszek Niepokólczycki(3), kierując organizacją od listopada 1945 do 18 października 1946. Między październikiem 1946, a 5 stycznia 1947 prezesem WiN-u był płk Wincenty Kwieciński(4). Ostatnim podpułkownikiem obejmującym funkcję zarządcy "Wolność i Niezawisłość" został ppłk Łukasz Ciepliński(5) (od stycznia 1947 do 27 listopada 1947).